Hamowanie szlaku deamidacji Bcl-xL w zaburzeniach mieloproliferacyjnych ad 9

Dlatego też przebadaliśmy pacjenta, który stał się odporny na imatynib w wyniku mutacji E255V w domenie kinazy BCR-ABL. PBMCs traktowane imatynibem od tego pacjenta nie wykazywały podwyższonych poziomów NHE-1 w odpowiedzi na deamidację etopozydu lub Bcl-xL w odpowiedzi na etopozyd lub naświetlanie (Figura 4A i 4B). Jednakże, działanie oporności na imatynib można ominąć przez nadekspresję NHE-1, która spowodowała zwiększenie wewnątrzkomórkowego pH i apoptozy (Figura 4C i 4D) lub przez wymuszoną alkalizację, co spowodowało zwiększoną dezamidację i apoptozę Bcl-XL (Figura 12 w Dodatku Dodatek). Dane te wykazują, że aktywność kinazy BCR-ABL jest niezbędna do hamowania szlaku dezamidacji Bcl-xL w komórkach CML. Dyskusja
Deamidacja wewnętrznych reszt asparaginowych lub glutaminowych może mieć głęboki wpływ na funkcję białek i bierze udział w wielu procesach biologicznych. Continue reading „Hamowanie szlaku deamidacji Bcl-xL w zaburzeniach mieloproliferacyjnych ad 9”

Hamowanie szlaku deamidacji Bcl-xL w zaburzeniach mieloproliferacyjnych ad 8

Dane te sugerują, że szlak pozostaje hamowany po transformacji białaczkowej, co zostało potwierdzone przy użyciu blaszek od pacjenta z CML w czasie przełomu blastycznego (dane nie pokazane). W przeciwieństwie do tego, ścieżka była nienaruszona w czterech innych liniach komórkowych, które nie są uważane za ekspresjonujące onkogenne kinazy tyrozynowe (Tabela i Figura 8 w Dodatku Uzupełniającym). Ścieżka była również nienaruszona w linii komórkowej T-chłoniaka (Karpas-299), która eksprymuje białko fuzyjne kinazy tyrozynowej NPM-ALK oraz w linii komórkowej szpiczaka (OPM-2), która nadmiernie zwiększa receptor czynnika wzrostu fibroblastów 3 ( FGFR3) kinaza tyrozynowa. Te wyniki sugerują, że hamowanie szlaku dezamidacji Bcl-xL nie jest ogólną cechą nowotworów hematologicznych i jest mediowane przez podgrupę kinaz tyrozynowych lub jest zależne od konkretnego kontekstu komórkowego. Aby zbadać, czy na hamowanie szlaku NHE-1-Bcl-xL wpływa siła kinaz, przeprowadziliśmy serię eksperymentów z użyciem linii komórkowej Baf3-TPoR transdukowanych kinazami tyrozynowymi BCR-ABL, JAK2 V617F lub NPM-ALK, dając wzrost do kilku populacji komórek o różnych poziomach ekspresji kinazy (Figura 9 w Dodatku Aneks). Continue reading „Hamowanie szlaku deamidacji Bcl-xL w zaburzeniach mieloproliferacyjnych ad 8”

Hamowanie szlaku deamidacji Bcl-xL w zaburzeniach mieloproliferacyjnych ad 7

Zarówno etopozyd, jak i napromieniowanie powodowały istotnie mniejszą apoptozę w granulocytach CML niż w prawidłowych granulocytach (ryc. 1C), co było zgodne z genotoksyczną opornością na komórki BCR-dodatnie z dodatnim wynikiem testu BCR-8. W przeciwieństwie do tego, limfocyty T od tych samych pacjentów z CML nieodporny na alkalizację, deamidację Bcl-XL i apoptozę wywołaną uszkodzonym DNA (Rysunek 3 w Dodatku Uzupełniającym). Aby zbadać poziom, na którym szlak deamidacji NHE-1-Bcl-xL został zablokowany w komórkach CML, eksponowaliśmy granulocyty od pacjentów z CML na różne poziomy zewnętrznego pH. Wzmocniona alkalizacja odwróciła hamowanie i przywróciła deamidację Bcl-xL i apoptozę nawet przy braku uszkodzenia DNA, co sugeruje, że blok był na poziomie antyportu NHE-1 (Figura 4 w Dodatkowym dodatku). Continue reading „Hamowanie szlaku deamidacji Bcl-xL w zaburzeniach mieloproliferacyjnych ad 7”

Hamowanie szlaku deamidacji Bcl-xL w zaburzeniach mieloproliferacyjnych ad 6

Wykorzystano zmobilizowane próbki krwi obwodowej od osób kontrolnych i próbki krwi obwodowej CML w celu oczyszczenia komórek CD34 +, najpierw przy użyciu zestawu MicroBead MACS CD34 (Miltenyi Biotec), a następnie sortowania komórek w celu uzyskania 95% czystych komórek CD34 + utrzymywanych w pożywce RPMI z 10% surowicą płodową. Linie komórkowe
Użyliśmy ludzkich komórek hematopoetycznych linii nowotworowych K562, HEL, Daudi, DU528, Jum2, Karpas299, OPM2 i DOHH2 (szczegółowe informacje znajdują się w Tabeli w dodatkowym dodatku). Komórki hodowano w pożywce RPMI z 10% płodową surowicą cielęcą. Komórki mysie BaF3 wyrażające receptor trombopoetyny (BaF3-TpoR) hodowano w pożywce RPMI z 10% surowicą płodową cielęcą zawierającą ng na mililitr rekombinowanej interleukiny-3.
Leczenie uszkodzeń DNA
Komórki napromieniano 5 Gy z użyciem źródła cezu lub traktowano 50 .M etopozydu w dimetylosulfotlenku (DMSO) we wskazanym czasie. Continue reading „Hamowanie szlaku deamidacji Bcl-xL w zaburzeniach mieloproliferacyjnych ad 6”

Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1 ad 5

Analiza regresji logistycznej wykazała, że rs45450798 wyjaśnił związek w rs1893217 i, w połączeniu z rs478582, wyjaśnił związek z cukrzycą typu regionu chromosomu PTPN2 (tabela 4 w dodatkowym dodatku). U pacjentów z celiakią znaczenie związku PTPN2 SNP rs45450798 (P = 2,61 × 10-4) nieznacznie przekroczyło próg P <1,00 × 10-4 (Tabela 2). Dlatego przeanalizowaliśmy dostępne, ale niepublikowane dane dla dwóch niezależnych zestawów próbek kontrolnych z Irlandii i Holandii, uzyskując spójne poparcie dla skojarzenia PTPN2 rs1893217 z celiakią (P = 0,045) (Tabela 6 w Dodatku Uzupełniającym). Biorąc pod uwagę fakt, że PTPN2 jest również związany z innym zaburzeniem zapalnym, chorobą Leśniowskiego-Crohna, 29 jest wysoce prawdopodobne, że PTPN2 jest także locus choroby trzewnej, doprowadzając całkowitą liczbę loci chorobowych nie-HLA z 8 do 11. Sześć innych regionów wykazywało znamionowy związek z celiakią (P <0,05). Continue reading „Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1 ad 5”

Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1 czesc 4

Dlatego przetestowaliśmy połączenie dwóch ustalonych wariantów funkcjonalnych, jednego w CCR2 (rs1799864, Ile64Val), a drugiego w CCR5 (rs333, wariant insercji-delecji o 32 bp), które zostały zgłoszone jako związane z podatnością na zakażenie ludzki wirus upośledzenia odporności (HIV) oraz wynik leczenia i leczenia HIV.22 Ponadto, polimorfizmy CCR5 i jej liganda, CCL3L1, były również związane z podatnością na reumatoidalne zapalenie stawów23, 24 oraz z cukrzycą typu w kilku mniejszych badaniach, w których wyniki pozostają niepotwierdzone.25-28 Nie znaleźliśmy żadnych dowodów na związek między rs1799864 w CCR2 i cukrzycą typu (iloraz szans, 0,97; przedział ufności 95% [CI], 0,89 do 1,06; P = 0,51) (Tabela 2 w Dodatku Uzupełniającym). Przeciwnie, homozygotyczność wariantu insercji-delecji rs333 32-bp w CCR5, który koduje niefunkcjonalny receptor, wiązała się ze zmniejszonym ryzykiem cukrzycy typu (iloraz szans, 0,54; 95% CI, 0,40 do 0,72; P = 1,88 × 10-6 z 2 df). Potwierdziliśmy związek w zbiorach rodziny (względne ryzyko, 0,53; 95% CI, 0,34 do 0,82, P = 0,009; P = 1,81 x 10-8 z 2 df dla ogólnego porównania). Delecja insercji CCR5, rs333, jest zlokalizowana w centromerii 62 kb z SNP rs6441961 w CCR3 (D = 0,98, r2 = 0,05), a analiza regresji logistycznej wykazała, że potencjalny związek z cukrzycą typu z rs6441961 w CCR3 nie był ze względu na brak sprzężenia z rs333 (rs333 dodany do rs6441961, P = 3,39 × 10-5; w analizie odwrotnej, rs6441961 dodano do rs333, P = 0,008). Cukrzyca typu w cukrzycy typu Celiakia
Tabela 2. Continue reading „Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1 czesc 4”

Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1 cd

Genotypowaliśmy także SNP z IL7R na chromosomie 5p13, CD226 na chromosomie 18q22 i 32-bp wariant insercji-delecji w CCR5 na chromosomie 3p21. Analiza statystyczna
W naszym badaniu określono P <1,00 × 10-4 w celu wskazania istotności statystycznej. Podejście to było zachowawcze, ponieważ ustalone dowody potrzebne do wykazania, że dwie badane choroby mają rodzinne powiązanie (koseregacja), związek kliniczny lub epidemiologiczny lub oba mają pewne wspólne fenotypy kliniczne i biologiczne.20,21 Wymagaliśmy również, aby dowody na związek miejsca z pierwszą chorobą są solidne i przekonujące (tj. P <5,00 × 10-7 w wielu populacjach) oraz że istnieją solidne wyniki punktacji i analizy statystyczne (szczegóły w Dodatku Uzupełniającym).
Wyniki
Choroba Celiakia w cukrzycy typu
Tabela 1. Continue reading „Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1 cd”

Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1 ad

W tym badaniu oceniliśmy związek pomiędzy wszystkimi tymi loci a cukrzycą typu i celiakią, w tym wariant insercji-delecję CCR5 o wielkości 32 par zasad, który opisujemy tutaj jako locus cukrzycy typu 1, w celu oceny podobieństw i różnic genetycznych. między tymi dwoma zaburzeniami zapalnymi. (Zobacz rozdział Glosariusz i Metody w Dodatkowym Dodatku, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org). Metody
Osoby badane
W naszym badaniu pacjenci z cukrzycą typu (www.childhood-diabetes.org.uk/grid.shtml) mieli mniej niż 16 lat w momencie pobierania próbki, ze średnim wiekiem w chwili rozpoznania 7,5 roku (zakres, 0,5 do 16) .1 W sumie 9339 próbek kontrolnych uzyskano od 6164 osób w brytyjskiej kohorcie urodzenia z 1958 r. (www.b58cgene.sgul.ac.uk) oraz z kolekcji 3175 dawców krwi, ustanowionej przez Wellcome Trust Case Consortium. Continue reading „Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1 ad”

Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1

Dwa zaburzenia zapalne, cukrzyca typu i celiakia, ulegają koseregacji w populacjach, co sugeruje powszechne pochodzenie genetyczne. Ponieważ obie choroby są związane z genami HLA klasy II na chromosomie 6p21, testowaliśmy, czy loci nie-HLA są wspólne. Metody
Oceniliśmy związek pomiędzy cukrzycą typu i ośmioma loci związanymi z ryzykiem celiakii poprzez genotypowanie i analizy statystyczne próbek DNA od 8064 pacjentów z cukrzycą typu 1, 9339 osób z grupy kontrolnej i 2828 rodzin otrzymujących 3064 trio z rodzicami i dziećmi (składające się z chore dziecko i oboje rodzice biologiczni). Badaliśmy 18 loci związanych z cukrzycą typu u 2560 pacjentów z celiakią i 9339 osób z grupy kontrolnej.
Wyniki
Trzy loci z celiakią – RGS1 na chromosomie 1q31, IL18RAP na chromosomie 2q12 i TAGAP na chromosomie 6q25 – były związane z cukrzycą typu (P <1,00 × 10-4). Continue reading „Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1”

Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1 ad 6

Wiemy, że nie jest to spowodowane uprzedzeniami w ustalaniu przypadków, ani też używanie wspólnego zestawu obiektów kontrolnych nie jest problemem, ponieważ mamy spójne wyniki z naszych analiz rodzinnych (dodatek dodatkowy). Nieliczne allele SNPs rs917997 (IL18RAP na chromosomie 2q12) i rs1738074 (TAGAP na chromosomie 6q25) były negatywnie związane z cukrzycą typu 1, podczas gdy te mniejsze allele były pozytywnie związane z celiakią.10 Te wyniki mogą być interpretowane na dwa sposoby: warianty przyczynowe w tych dwóch regionach mogą mieć przeciwne efekty biologiczne w cukrzycy typu i celiakii, lub mogą występować różne warianty przyczynowe dla każdej choroby w każdym regionie z znakowanymi markerami SNP znakującymi te warianty przyczynowe. Dla regionów IL18RAP na chromosomie 2q12 i TAGAP na chromosomie 6q25, nie znaleźliśmy dowodów na drugi locus w tych regionach w badaniach asocjacyjnych genomewidu dla cukrzycy typu 13,15 (dane nie przedstawione). Co więcej, istnieje precedens dla wariantu przyczynowego mającego przeciwne skutki w różnych chorobach. Na przykład, mniejszy allel wariantu PTPN22 Arg620Trp na chromosomie 1p13 predysponuje osobę do wielu chorób o podłożu immunologicznym, ale jest ochronna dla choroby Leśniowskiego-Crohna .30 Dlatego też preferujemy możliwość, że warianty przyczynowe mają odwrotne skutki u pacjentów z cukrzycą typu i nietolerancja glutenu. Continue reading „Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1 ad 6”