Wspólne i wyodrębnione warianty genetyczne w cukrzycy typu 1 i celiakii typu 1 ad 5

Analiza regresji logistycznej wykazała, że rs45450798 wyjaśnił związek w rs1893217 i, w połączeniu z rs478582, wyjaśnił związek z cukrzycą typu regionu chromosomu PTPN2 (tabela 4 w dodatkowym dodatku). U pacjentów z celiakią znaczenie związku PTPN2 SNP rs45450798 (P = 2,61 × 10-4) nieznacznie przekroczyło próg P <1,00 × 10-4 (Tabela 2). Dlatego przeanalizowaliśmy dostępne, ale niepublikowane dane dla dwóch niezależnych zestawów próbek kontrolnych z Irlandii i Holandii, uzyskując spójne poparcie dla skojarzenia PTPN2 rs1893217 z celiakią (P = 0,045) (Tabela 6 w Dodatku Uzupełniającym). Biorąc pod uwagę fakt, że PTPN2 jest również związany z innym zaburzeniem zapalnym, chorobą Leśniowskiego-Crohna, 29 jest wysoce prawdopodobne, że PTPN2 jest także locus choroby trzewnej, doprowadzając całkowitą liczbę loci chorobowych nie-HLA z 8 do 11. Sześć innych regionów wykazywało znamionowy związek z celiakią (P <0,05). Najsilniej związany SNP dla ryzyka cukrzycy typu w regionie IL2-IL21 na chromosomie 4q27, rs2069763 (synonim SNP w eksonie IL2), jest słabo związany z celiakią (P = 0,02), co wskazuje, że chociaż ten region jest powiązany z obiema chorobami, warianty genetyczne są różne. Pozostałe regiony to IL7R na chromosomie 5p13 (P = 0,007), BACH2 na chromosomie 6q15 (P = 0,003), PRKCQ na chromosomie 10p15 (P = 0,02), CD226 na chromosomie 18q22 (P = 0,01) i UBASH3A na chromosomie 21q22 ( P = 0,009). Figura ilustruje połączone wyniki z Tabeli i Tabeli 2, z 15 loci wykazującymi pewne dowody na kolokalizację (zakładając dwa warianty wrażliwości w regionie IL2-IL21 na chromosomie 4q27); z tych, 7 ma przekonujące dowody: RGS1 na chromosomie 1q31, IL18RAP na chromosomie 2q12, CTLA4 na chromosomie 2q33, CCR5 na chromosomie 3p21, TAGAP na chromosomie 6q25, SH2B3 na chromosomie 12q24, i PTPN2 na chromosomie 18p11. Co najmniej pięć wykazało wyraźne różnice – mianowicie silny związek w jednej chorobie i brak lub niewiele dowodów na związek w innej chorobie (INS na chromosomie 11p15, PTPN22 na chromosomie 1p13, IL2RA na chromosomie 10p15, LPP na chromosomie 3q28 i IL12A na chromosom 3q25) (Figura 1C i 1D).
Dyskusja
Nasze odkrycia i te opisane wcześniej1, 10, 1, 15, 15 dostarczają przekonujących dowodów, że 21 loci innych niż HLA jest związanych z cukrzycą typu 1, a 11 loci nie-HLA jest związanych z celiakią. Z tych loci zidentyfikowaliśmy trzy loci chorób trzewnych jako mające związek z cukrzycą typu (RGS1, IL18RAP i TAGAP) i dwa loci cukrzycy typu jako mające związek z celiakią (CCR5 i PTPN2). Ponadto, nasze wyniki potwierdzają znaczenie regionu CTLA4 na chromosomie 2q33. Siedem z tych regionów chromosomu dzieli się między dwie choroby, co sugeruje, że w celu zbadania wspólnych loci w dwóch chorobach, o których wiadomo, że współgregują, poprzednia szansa 1000: na istnienie prawdziwego związku przy którymkolwiek z testowanych genów kandydujących20,21 jest zbyt konserwatywne (dodatek uzupełniający).
Cztery allele – RGS1 na chromosomie 1q31, CTLA4 na chromosomie 2q33, SH2B3 na chromosomie 12q24 i PTPN2 na chromosomie 18p11 – pokazują ten sam kierunek asocjacji w dwóch chorobach, co stanowi dowód na wspólne warianty przyczynowe
[hasła pokrewne: schizofrenia opis przypadku, humektant, badania lekarskie do pracy jak wygladaja ]

Powiązane tematy z artykułem: badania lekarskie do pracy jak wygladaja humektant schizofrenia opis przypadku